1.复合生态系统控制论。该理论认为当代若干重大社会问题，都直接或间接关系到社会体制、经济发展状况以及人类赖以生存的自然环境。社会、经济和自然是三个不同性质的系统，但各自的生存和发展都受其他系统结构、功能的制约，必须当成一个社会——经济——自然复合生态系统来考虑，衡量该复合系统的三个指标是：自然系统的合理性、经济系统的利润、社会系统的效益，且其研究是一个多目标决策过程，应在生态经济原则的指导下拟定具体的社会目标、经济目标和生态目标，使系统的综合效益最高、风险最小、存活机会最大，即就是要依据生态经济学原理找出生态问题的症结，在外部投入有限的情况下，通过各种技术、行政和行为诱导手段去调节系统内部各种不合理的生态关系，提高系统自我调节能力，实现因地制宜的可持续发展。20世纪80年代以来，中国普遍开展的生态农业建设，就是运用这一理论为实现可持续发展进行的一种有益尝试。
2.要素组合理论。该理论认为农业生物在其生长过程中，总是在一定的生长环境中有顺序、按比例地吸收和同化各种生活要素并最终形成一定的生物量，农业生物运动和发展的这一客观规律就叫要素组合规律。
根据这一理论，认为农业现代化是实现农业高产高效、避免资源及人工投入要素浪费的基础。运用要素组合理论实证分析研究中国农业发展问题，可以得出这样的结论：即农业发展的过程，是农作物生活要素数量不断提高、不断组合优化的过程。
